Valstybės tarnybos įstatymo (toliau – VTĮ) 5 str. nustatyta, kad darbo santykius ir socialines garantijas reglamentuojantys įstatymai bei kiti teisės aktai valstybės tarnautojams taikomi tiek, kiek jų statuso ir socialinių garantijų nereglamentuoja VTĮ. Taigi jie valstybės tarnautojams gali būti taikomi papildomai, kai tam tikrais atvejais nepakanka VTĮ normų.
Kalbant apie valstybės tarnautojų atostogas svarbu paminėti, kad yra numatyta, kad valstybės tarnautojų atostogų rūšis, minimalią trukmę, suteikimo ir mokėjimo už jas tvarką bei sąlygas nustato ne tik VTĮ, bet ir Lietuvos Respublikos darbo kodeksas (toliau – DK). VTĮ reglamentuoja valstybės tarnautojų atostogų rūšis ir jų trukmę, o atostogų suteikimo, jų apmokėjimo, kompensavimo už nepanaudotas atostogas ir kiti klausimai yra reguliuojami DK.
Kadangi valstybės tarnautojų atostogų rūšis ir jų trukmę reglamentuoja VTĮ 35 ir 36 str., įsigaliojus naujai priimtam DK, jo nuostatos dėl atostogų trukmės bei dėl atostogų skaičiavimo darbo dienomis valstybės tarnautojams nebus taikomos. Parengtame naujame VTĮ projekte numatoma valstybės tarnautojams suteikiamas atostogas skaičiuoti darbo dienomis, tačiau, kol VTĮ projektas nėra priimtas, pagal galiojančios redakcijos VTĮ 36 str. 1 d. valstybės tarnautojui suteikiamos 28 kalendorinių dienų kasmetinės minimalios atostogos. Valstybės tarnautojui, vienam auginančiam vaiką iki keturiolikos metų arba neįgalų vaiką iki aštuoniolikos metų, taip pat valstybės tarnautojui, kuris pripažintas neįgaliuoju, suteikiamos 35 kalendorinių dienų kasmetinės minimalios atostogos. Šio straipsnio 2 dalyje nustatyta, kad valstybės tarnautojui, turinčiam didesnį kaip penkerių metų tarnybos stažą, už kiekvienų paskesnių trejų metų tarnybos stažą suteikiamos 3 papildomos kalendorinės dienos kasmetinių atostogų, tačiau bendra kasmetinių atostogų trukmė negali būti ilgesnė kaip 42 kalendorinės dienos. Atitinkamai kalendorinėmis dienomis bus kaupiamos ir nepanaudotos valstybės tarnautojų atostogos.
Pagal naujojo DK nuostatas, teisė pasinaudoti visomis ar dalimi kasmetinių atostogų (arba gauti piniginę kompensaciją už jas DK nustatytu atveju) prarandama praėjus trejiems metams nuo kalendorinių metų, kuriais buvo įgyta teisė į visos trukmės kasmetines atostogas, pabaigos, išskyrus atvejus, kai darbuotojas faktiškai negalėjo jomis pasinaudoti. Darbuotojai, iki DK įsigaliojimo turintys nepanaudotų kasmetinių atostogų daugiau kaip už trejus darbo metus, turi teisę jas išnaudoti iki 2019 m. liepos 1 d. Šios nuostatos taikytinos ir valstybės tarnautojams.
